取消增值稅簡易征收應當允許抵扣進項稅額
《國家稅務總局關于增值稅*般納稅人取得防偽稅控系統開具的增值稅專用發票進項稅額抵扣問題的通知》(國稅發[2003]17號)以及《國家稅務總局關于調整增值稅扣稅憑證抵扣期限有關問題的通知》(國稅函[2009]617號)的規定，增值稅*般納稅人取得增值稅專用發票或海關進口增值稅專用繳款書，應當在法定期限內到稅務機關申請認證后才可以抵扣增值稅進項稅額。若增值稅專用發票超過認證抵扣期限，則納稅人將承擔過重的稅收負擔，造成稅負不公。盡管《關于逾期增值稅扣稅憑證抵扣問題的公告》(國稅[2011]第50號)規定了*些超期可以抵扣的情形，但仍不能囊括現實中全部應予抵扣的情形。
案例中，增值稅*般納稅人A公司依法申請適用簡易征收增值稅。稅務機關辦理了備案手續，但卻在4年后認定A公司生產的產品不符合增值稅簡易征收的范圍，應按照17%的稅率征收增值稅。A公司在適用增值稅簡易征收辦法期間未從上游企業取得全部增值稅專用發票，且已取得的專用發票也已經超過認證抵扣期限，企業的增值稅稅負率將高達17%。
將增值稅征收方式由簡易征收改為按稅率征收的，是否應當考慮允許其抵扣增值稅進項稅額?華稅律師將以本案為例進行剖析，供各位參考。
*、案情簡介
A醫藥有限責任公司(以下簡稱“A公司”)是*家藥品生產企業，成立于1993年11月22日，注冊地位于海南省B市F區，公司的經營范圍為：研制、生產和銷售醫療器械、醫用顯像劑、核素藥物、生化制劑及相關產品的售后服務。1995年2月1日F區國稅局認定A公司為增值稅*般納稅人。
2011年5月28日，A公司向F區國稅局第三稅務所提交了《A公司選擇簡易辦法計算繳納增值稅申請書》，申請按照《財政部、國家稅務總局關于部分貨物適用增值稅低稅率和簡易辦法征收增值稅政策的通知》(財稅[2009]9號)第二條第三款第四項的規定對其生產的某生物制品注射液等產品銷售適用簡易辦法依照6%征收率計算繳納增值稅。F區國稅局第三稅務所受理并同意了A公司的備案申請。2011年6月至2014年9月期間，A公司對其生產的藥品均按照6%的征收率申報繳納增值稅。
2014年9月，F區國稅局直屬三分局經納稅評估，確認A公司為稅務稽查對象。2014年10月16日，F區國稅局向A公司送達了《B市F區國稅局稽查局稅務檢查通知書》，稽查A公司2011年6月1日至2014年9月30日的增值稅繳納情況。
2014年12月10日，F區國稅局稽查局向A公司下達《稅務處理決定書》，認為A公司存在違規適用按照6%稅率簡易征收增值稅的稅收*惠政策，要求A公司按照17%的增值稅稅率補繳自2011年6月至2014年9月期間的增值稅稅款5,880,765.45元。
由于A公司在適用增值稅簡易征收期間，未從上游企業取得全部增值稅專用發票，已取得的專用發票合計稅額僅也已經超過認證抵扣期限，無法抵扣。A公司認為其承擔的稅收負擔過重，不服《稅務處理決定書》。故，委托華稅律師代理提起稅務行政復議。
二、華稅觀點
(*)取消對A公司的增值稅簡易征收，A公司無過錯
行政行為成立便對行政主體和行政相對方產生法律上的效力。行政行為具有確定力，是指有效成立的行政行為，具有不可變更性，即非依法不得隨意變更或撤銷和不可爭辯力。行政主體非依法定理由和程序，不得隨意改變其行為內容，或就同*事項重新作出行為。2009年2月28日，A公司已按照法律規定的條件和程序提交《選擇簡易辦法申請書》，經主管稅務所審查，完成選擇適用增值稅簡易征收辦法的備案手續。A公司提交申請后的長達4年2個月的期間內，稅務機關均未對A公司采用簡易辦法繳納增值稅提出任何異議。該具體行政行為已經作出，即具有確定力，行政相對方A公司對該行政行為也產生信賴利益。稅務機關在原具體行政行為作出超過4后改變原具體行政行為，*來損害了行政行為的確定力，二來未及時履行告知義務，導致A公司*直按照6%的征收率申報繳納增值稅，大部分成本未取得增值稅抵扣憑證，也未申請認證抵扣增值稅進項稅額。
對于2011年6月至2014年9月期間取得的進項增值稅專用發票過期未抵扣，是由于稅務機關原因造成，A公司主觀上并無過錯。A公司僅應承擔《增值稅暫行條例》規定的按稅率繳納增值稅的稅收負擔。
(二)不允許A公司抵扣進項稅額，處理結果不公平
A公司成立以來連年虧損，僅近年來開始出現微薄盈利。若依據稅務機關作出的《稅務處理決定書》補繳稅款后，實際承擔的稅負率為17%，遠高于同行業的平均稅負率9%，與A公司的經濟狀況明顯不適當。扣除后A公司已取得增值稅抵扣憑證所載進項稅額后，A公司的實際稅負率為14.0%，同樣高于行業平均稅負率，不會造成國家稅款流失。
項目
計算口徑
含稅銷售額
（元）
增值稅銷項稅額
（元）
增值稅進項稅額
（元）
應繳增值稅額
（元）
補繳增值稅額
（元）
稅負率
（%）
按《稅務處理決定書》
78,964,369.88
11,473,455.45
0
11,473,455.45
5,880,765.45
17
扣除已有增值稅抵扣憑證所載稅額
2,050,889.99
9,422,565.46
3,829,875.46
14.0
按行業平均稅負率
5,399,273.15
6,074,182.30
1,411,887.71
9
因此，稅務機關作出的《稅務處理決定書》使A公司在無過錯的情況下，承擔了過重的稅收負擔，違背稅收公平原則，應允許A公司抵扣已取得的增值稅抵扣憑證。
(三)改變對A公司增值稅征管方式，不應影響A公司抵扣進項稅額的權利
按簡易辦法和按稅率征收增值稅是增值稅征收管理的兩種方式。按稅率征收增值稅是綜合考慮納稅人的收入和成本，按照銷項稅額減除進項稅額后的余額確定納稅人應納稅額的稅款征收方式。增值稅簡易征收辦法是對無法或不適合按照進銷項的方法核算增值稅應納稅額的增值稅*般納稅人采取的按照簡易征收率征收增值稅的稅款征收辦法。增值稅簡易征收辦法的宗旨在于平衡稅負，便于稅收征管。
A公司自產微生物制成的生物制品，生產成本難以取得增值稅專用發票，按照銷項減進項的征收方式征收增值稅稅率過高。因此，《關于部分貨物適用增值稅低稅率和簡易辦法征收增值稅政策的通知》(財稅[2009]9號)第二條規定，*般納稅人銷售自產的用微生物制成的生物制品，可選擇按照簡易辦法依照6% 征收率計算繳納增值稅。2011年5月28日，A公司向稅務機關提交了《A公司選擇簡易辦法計算繳納增值稅申請書》，稅務機關經審核后，同意對A公司按照 6%的征收率進行簡易征收。
本案中，稅務機關后經稅務稽查，認為A公司存在違規適用按照6%征收率簡易征收增值稅的稅收*惠政策，要求對A公司按照增值稅稅率計征稅款，是變更對A公司的增值稅征管方式。對A公司按照17%的增值稅稅率計征增值稅，應當綜合考慮納稅人的銷項稅額和進項稅額，按照增值稅銷項減進項的征稅方法，允許 A公司抵扣增值稅進項稅額。
(四)A公司取得的增值稅抵扣憑證已過期不應構成抵扣稅款的障礙
根據《國家稅務總局關于增值稅*般納稅人取得防偽稅控系統開具的增值稅專用發票進項稅額抵扣問題的通知》(國稅發[2003]17號)以及《國家稅務總局關于調整增值稅扣稅憑證抵扣期限有關問題的通知》(國稅函[2009]617號)的規定，增值稅*般納稅人取得增值稅專用發票或海關進口增值稅專用繳款書，應當在法定期限內到稅務機關申請認證比對后才可以抵扣增值稅進項稅額。但也規定了例外，《關于逾期增值稅扣稅憑證抵扣問題的公告》(國稅[2011] 第50號)第*條規定，對增值稅*般納稅人發生真實交易但由于客觀原因造成增值稅扣稅憑證逾期的，經主管稅務機關審核、逐*上報，由國家稅務總局認證、稽核比對后，對比對相符的增值稅扣稅憑證，允許納稅人繼續抵扣其進項稅額。可見，規定增值稅認證抵扣期限的目的在于促使納稅人盡早行使權利、抵扣稅款，是出于稅收征管方便的考慮，并非否定納稅人抵扣增值稅進項稅額的權利。本案中，A公司取得的增值稅抵扣憑證超過認證抵扣期限不是出于A公司自身的原因，A公司不存在怠于行使權利的情形。因此，超期不應成為阻礙A公司認證抵扣的障礙。
另外，《增值稅暫行條例》第四條規定，……納稅人銷售貨物或者提供應稅勞務，應納稅額為當期銷項稅額抵扣當期進項稅額后的余額。《國家稅務總局關于增值稅*般納稅人取得防偽稅控系統開具的增值稅專用發票進項稅額抵扣問題的通知》(國稅發[2003]17號)以及《國家稅務總局關于調整增值稅扣稅憑證抵扣期限有關問題的通知》(國稅函[2009]617號)作為部門規章和內部規范性文件，在法律價位上明顯低于《增值稅暫行條例》，其規定增值稅專用發票超期不得抵扣與《增值稅暫行條例》的規定向沖突，不應當成為妨礙本案中申請人抵扣增值稅進項稅額的法律依據。
三、總結
根據《國家稅務總局關于增值稅*般納稅人取得防偽稅控系統開具的增值稅專用發票進項稅額抵扣問題的通知》(國稅發[2003]17號)以及《國家稅務總局關于調整增值稅扣稅憑證抵扣期限有關問題的通知》(國稅函[2009]617號)的規定，增值稅*般納稅人取得增值稅專用發票或海關進口增值稅專用繳款書，應當在法定期限內到稅務機關申請認證比對后才可以抵扣增值稅進項稅額。但是，實踐中不可片面理解適用這*規定。納稅人不存在過錯的情況下，不應因這*規定增加納稅人的稅收負擔。不僅如此，稅務機關取消A公司的增值稅簡易征收，僅是對A公司稅收征管方式的改變，不應影響A公司的納稅義務。本案中，稅務機關取消對A公司的增值稅簡易征收，改變對A公司的增值稅征管方式，并非由于A公司的過錯。A公司僅應在《增值稅暫行條例》規定的范圍內承擔納稅義務，否則將違背稅收公平原則。應允許A公司抵扣在采用增值稅簡易征收辦法期間已取得的增值稅抵扣憑證所載進項稅額。
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